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Para el tratamiento biológico de aguas residuales vemos que la degradación biológica es un proceso natural mediante el cual la materia orgánica es utilizada por microorganismos para crear nueva biomasa produciendo dióxido de carbono, agua y compuestos nitrogenados como subproductos.

Las bacterias en los sistemas de tratamiento de aguas residuales eliminan la materia orgánica (disuelta como en partículas) para transformarla en crecimiento de nuevas células y en subproductos, es decir, son descomponedores primarios. Los microorganismos usados en tratamiento de aguas residuales se seleccionan tanto por su capacidad para aprovechar la materia orgánica como por su capacidad de sedimentación una vez que el proceso de degradación se ha completado, ya que las bacterias y ciertos tipos de protozoos son capaces de aglutinarse formando flóculos que sedimentan fácilmente dando un sobrenadante claro.